Στις ξεναγήσεις που πραγματοποιήθηκαν από την Αρχαιολόγο κα Μαρία Σταθακίου, μετείχαν πάνω από 100 ιστιοπλόοι, οι οποίοι ήρθαν σε επαφή με τα σπουδαία ευρήματα και εκθέματα του Αρχαιολογικού Μουσείου. 

Τα ευρήματα που φιλοξενούνται στο Μουσείο αυτό προέρχονται  από τις ανασκαφές στην αρχαία πόλη της Σάμου, δηλαδή το σημερινό Πυθαγόρειο, και την ύπαιθρο της. Μέσα από τα αντικείμενα (αγγεία, γλυπτά, νομίσματα, μικροαντικείμενα κ.ά.), παρουσιάζεται η ιστορική πορεία της αρχαίας πόλης και της υπαίθρου, από την 4η χιλιετία π.Χ. μέχρι τον 7ο αι. μ

.Χ., και, καθώς φωτίζονται οι όψεις της ιστορικής και πολιτισμικής εξέλιξης του, προβάλλεται τελικά η σπουδαία θέση που κατείχε το νησί στον ελλαδικό χώρο σε όλη τη διάρκεια της αρχαιότητας.

Η οργάνωση της έκθεσης, που δομείται θεματικά και χρονολογικά, δόθηκε βαρύτητα στην ανάδειξη τόσο της αρχαιολογικής αξίας των αντικειμένων όσο και του εκπαιδευτικού χαρακτήρα τους, αλλά παράλληλα και στην αισθητική τους προβολή, έτσι ώστε να δημιουργηθεί μια ευχάριστη, διδακτική και κατανοητή αφήγηση της ιστορίας του νησιού. Επομένως στο ισόγειο του Μουσείου παρουσιάζεται, μέσα από τα ανασκαφικά ευρήματα, η ιστορική πορεία της αρχαίας πόλης της Σάμου κατά χρονικές περιόδους, ενώ στον όροφο του Μουσείου τα εκθέματα παρουσιάζονται κατά θεματικές ενότητες: Ρωμαίοι αυτοκράτορες, Νεκροπόλεις της αρχαίας πόλης Σάμου από τους γεωμετρικούς χρόνους μέχρι τον 4ο-7ο αι. μ.Χ., Ιερά, γλυπτά (από τους αρχαϊκούς μέχρι τους ρωμαϊκούς χρόνους), κατοικία και αντικείμενα της καθημερινής ζωής.